肥厚型心肌病的病因至今仍未完全明确，绝大部分呈常染色体显性遗传，大约60%的成年患者可检测到明确的致病基因突变；5%~10%是由其他遗传性或非遗传性疾病引起；另外，还有25%~30%患者病因不明。
家族遗传，绝大部分患者呈常染色体显性遗传，最常见（60%~70%）的病因是编码心肌收缩器的几个肌节基因中的某个基因发生突变。其他遗传性或非遗传性疾病，包括先天性代谢性疾病（如糖原贮积病、肉碱代谢疾病、溶酶体贮积病），神经肌肉疾病，线粒体疾病，畸形综合征，系统性淀粉样变等。除以上病因外，有如下危险因素或诱因的人群，更容易得病：可以预防的因素如高血压（血压控制不佳会加重该病）、有害接触（放射线、有毒、有害化学品），很难预防的因素如家族中曾有类似疾病的患者。
肥厚型心肌病的临床表现多样，轻者无明显症状或症状轻微，重者早期就出现明显的心肌肥厚症状，主要表现为劳力性呼吸困难、胸痛、心悸、晕厥和猝死。心脏性猝死（SCD）、心力衰竭和血栓栓塞是肥厚型心肌病死亡的三大主要原因。而导致猝死的原因有：（1）异常基因会导致心肌纤维肥厚、排列紊乱，这种结构的紊乱容易引发室性心动过速和心室颤动；（2）心肌肥厚和纤维化会导致心肌瘢痕的形成，心肌瘢痕可成为心律失常如室性心动过速的病理基础；（3）心肌的肥厚会导致需氧量增加，而心脏小血管管壁肥厚又会导致心肌供血供氧相对减少，造成心肌缺血，触发恶性心律失常的发生。
导致猝死的心律失常中超过80%的病例是心室颤动，发生率≤1%。且该疾病多好发于无症状或症状较轻的年轻患者，发病前通常无预警，是青少年和运动员SCD的常见原因。随年龄增长发生SCD的可能性逐渐降低，但不会消失。部分患者可表现出其他类型的心律失常，如心脏停搏、房室传导阻滞等。SCD是HCM灾难性的临床结局，如何筛选出潜在的HCM猝死高危患者成为亟待解决的问题，早期精准诊断是临床决策和预防猝死的关键。
HCM猝死的预防：①ICD植入：目前公认的预防HCM患者发生SCD的最可靠有效的方法即为安装ICD。青年和中年的HCM患者更适用于ICD植入的一级预防策略。②防治的一般措施：控制饮食及体重；避免加重左心室流出道梗阻的因素，如血管扩张剂等。定期复查，尽早发现引发猝死的高危因素；避免剧烈的身体活动和竞争性运动。③药物治疗：目前常用药物包括β受体阻滞剂、非二氢吡啶类钙通道阻滞剂丙吡胺及目前正在研究中的新型靶向药物，可一定程度缓解患者症状，改善心功能，但不能降低室性心律失常及猝死的风险。④手术治疗：部分HCM患者可行外科手术或介入治疗，对于梗阻性HCM患者，通过手术干预，解除梗阻，有助于缓解症状，从而降低发生SCD的风险。
目前，肥厚型心肌病以保守治疗为主，药物疗效不佳或不耐受者可通过外科手术或介入手术治疗。现有治疗手段较为成熟，但仍不能阻止疾病进展，彻底治愈疾病。分子靶向药物研究已表明其治疗可减轻患者症状、改善运动耐量、减少手术干预，然而远期疗效以及对长期生存率、并发症的影响仍不明确。随着基因工程技术的发展，基因治疗的研究已得到了很大的进展，理论上可实现根本性治疗，而将研究成果转化为临床应用仍需更大的技术突破。
