近日,多地报告新冠感染有上升趋势“二阳”话题迅速登上了各大社交网络媒体的热搜,从GISAID(全球共享流感数据倡议组织)网站。
我们可以看到在我国新冠病毒像车企每年发售新车系列一样,XBB1.91、XBB.1.9.2、XBB.1.5、XBB.1.16、XBB.1.22.1等已经开始快速攀升,逐渐取代了乙类乙管后的主要型别BF.7.14和BA.5.2系列。
S型、L型、阿尔法(alpha)、贝塔(beta)、伽马(gama)、德尔塔(delta)和奥密克戎(omicron).三年来,我们见过很多这样以希腊字母命名的病毒变种,同时也见过BA.275、BA5.2.48、BF.7这样字母和数字组成命名的病毒变种,它们之前存在什么样的逻辑呢?有联系吗?这个XBB又是啥?是他们哪个的后代?
要解答这些问题,我们先来了解和回顾一下新冠病毒历史。
新冠病毒从哪来的,什么时候传到人,现在还没有得到科学界公认的确切的证据查明,但科学家为了研究,并和以前其他冠状病毒显著区别开来,就假定了这样一个新冠病毒老祖宗和时间点,以2020年1月18日第一株测序公布出来的新型冠状病毒序列为参考,该样品来自武汉采集样本。现在所有新冠病毒株的分类,都是以这条参考序列为基准,与其比较位点的差异,然后按照既定规则进行命名。
新冠流行早期有四种常用的主流基因分型方法,分别是中国分型法、GISAID分型法,Nextstrain分型法和Pangolin分型法。
新冠最早开始的时候,根据测序序列与参考序列比较第8782和第28144两个位点的变异,分为L型与S型,分型方法很简单直观,当时在国内各大新闻中都会看到这种报道,但由于作为一个席卷全球的病毒,它几乎时刻都在积累新的变异,由于我国采取了动态清零政策取得了很好的防控效果,没有多少病毒给我们进行研究和命名,而病毒在国外疯狂变异,国外得到的测序序列很多,所以我们中国分型法逐渐淡出了视野。而其他三种成为世界上主流的新冠变异株分型法。
GISAID分型法主要根据病毒突变点位来命名。
Nextstrain分型法根据病毒估计出现的年份顺序和字母顺序命名主要的簇,例如主簇19A、19B、20A、20B。这样命名可以每年更新,并减少字母的使用带来命名的混乱。Pango是“以系统发育归类命名全球流行分支”的简称,
Pango谱系分型法则根据病毒的“亲缘关系”来命名,用它命名的新冠变异株“族谱”是这样的。
我们现在经常所听到的XBB.1.19.1、XBB.1.15、BA.5BF.7等正是采用Pangolin分型法。我们以B1.1.529为例,开头的B是指新冠最早流行的两大亚型“A型”和“B型”中的B型的后代,病毒多进化了一代,后面就增加了一个点表示,数字表示同辈中的排行,从图中我们可以看出B1是B.1.1的上一代B.1.1.529是B11的第529个子辈,那B.1.1.529的大儿子就得叫B.1.1.529.1,为了方便记忆和交流,Pangolin分型法规定三代以后就不能继续加点了,得用英文从头开始排。于是大儿子就改名叫BA.1.二儿子叫做BA.2.BA.2继续进化,诞生了BA.2.10.1和BA2.75.3.BA.2.10.1继续分化,诞生了BA2.10.1.1超过三代了,又该用英文重头排,于是BA2.10.1.1改名为BJ1.而BA.2.75.3继续分化,诞生了BA275.31并被改名为BM.1.BM.1继续分化诞生了BM.1.1.1。如果病毒变种之间产生了“杂交”重组,产生的后代就会在后面加上X,我们最近被广泛流行的XBB系列就是BJ.1和BM1.1.1后代重组而成的。可以看出Pangolin分型法很容易追根溯源,原来XBB系列就是B型的后代B.1.1.529的后代,而B.1.1.529正是举世闻名的奥密克戎(omicron)。
奥密克戎(omicron)?又有点糊涂了,怎么又有新的命名法?这是世卫组织于2021年5月31日宣布使用希腊字母命名新冠病毒变异株。这一方法主要是为了把各株变异病毒区分开来,方便大众识别,不仅简单且易于使用和记忆,而且有效避免了污名化和地区歧视,该命名法不会取代病毒原有的科学名称。按照新规则,2020年9月发现于英国的新冠变种病毒(B.1.1.7)被命名为阿尔法(Alpha);
2020年5月发现于南非的新冠变种病毒(B.1.351)被命名为贝塔(Beta);
2020年11月发现于巴西的新冠变种病毒(P.1)被命名伽马(Gamma);
2020年10月发现于印度的两种新冠变种病毒(B.1.617.2)被命名为德尔塔Delta:2021年11月发现于南非的新冠变种病毒(B.1.1.529)被命名为奥密克戎(omicron),自2022年2月以来,Omicron病毒占公开可用序列的98%以上,并构成了可能出现新的SARS-CoV-2变体的遗传背景,从2023年3月15日起,世卫组织变异追踪系统将独立考虑奥密克戎谱系分类为受监测变异(vum)、voi或VOCs。